Dada la complejidad del desarrollo regional y la composición interdisciplinar de su equipo, el IDEAR cubre un amplio espectro de investigación socio-económica para las regiones. Sin embargo, existen cinco líneas de investigación que históricamente han gozado de un especial interés y continuidad por parte de sus investigadores y que por tanto concentran gran parte de la producción científica del Instituto, estás líneas son las siguientes: